武则天当政时，徐有功历任蒲州司法参军（地方司法官员）、左肃政台侍御史、司刑少卿（大理寺司法官员）等官职。当时，酷吏恣横，构陷无辜，严刑峻法，朝野震恐，莫敢正言。独徐有功犯颜护法，三次被罢官，但矢志不渝，前后共救了数十家人。

　　有一次，博州刺史因罪被诛杀，牵涉到官吏颜余庆，武则天指令酷吏来俊臣审理此案，来俊臣给颜余庆定下了谋反的罪名。在朝廷上，来俊臣向武则天汇报时，侍御史魏元忠也认为应该判颜余庆死罪，武则天下旨批准。徐有功却坚持颜余庆不是“魁首”，不能诛杀。武则天大怒，斥问：“何谓魁首？”徐有功说：“魁者，大帅；首者，元谋。”后来，武则天免除了颜余庆的死罪。

　　有一个叫韩纪孝的人，在徐敬业谋反时接受了伪官职。在朝廷审理徐敬业谋反案时，韩纪孝已经死了，但负责审理此案的顾仲琰却要求籍没韩纪孝的家产，武则天予以认可。徐有功抗辩说：“人已经死了，就不应该再追究其罪，更不应该株连其他人。”后来因为这个案子获得宽恕的百姓就有几十人。徐有功曾经对自己的亲人说：“今身为大理，人命所悬，必不能顺旨诡辞，以求苟免。”

　　当时，告密者通常采取诱使他人的奴婢状告主人的办法，以求获得官府的功赏。润州刺史窦孝谌的妻子庞氏被奴婢诬告，监察御史薛季昶审理认为应该判庞氏死罪。其子到徐有功处讼冤，徐有功一边发文要求停刑，一边上奏武则天。薛季昶十分恼火，弹劾徐有功枉法，罪当处死。徐有功却说：“岂吾独死，而诸人长不死邪？”武则天召见并责问他说：“公比断狱多失出，何耶？”徐有功回答：“失出，臣小过；好生，陛下大德。”武则天知道徐有功是忠臣，于是，免去了庞氏的死罪。

　　天授元年（公元６９０年），道州刺史李仁褒兄弟被酷吏所陷害，徐有功虽然坚持抗争护法，但没有成功，并因此被罢官。不久，他又被重新起用为侍御史。“天下闻有功复进，洒然相贺”。

　　徐有功审案，卓然守法，虽死不移。他曾经三次因守法蒙冤，但“将死，泰然不忧；赦之，亦不喜”。武则天因此十分雅重他。时人赞颂徐有功“听讼惟明，持法惟平”。